Die Verfahren bieten jeweils einen unterschiedlichen Sicherheitsgrad.

Das derzeit sicherste Verfahren ist das HBCI-Verfahren, bei dem eine Finanzsoftware, ein Chipkartenleser und eine HBCI-Chipkarte benötigt wird.

Die beste Mischung aus Komfort und Sicherheit bietet das chipTAN-Verfahren, bei dem zur Generierung einer TAN ein QR-Code bzw. Farbmatrixcode vom Bildschirm mit einem TAN-Generator ausgelesen wird. Durch die beiden voneinander getrennten Geräte haben Betrüger keine Chance, sich dazwischen zu schalten.

Als nicht mehr sicher gilt das mTAN-Verfahren, das schon mehrfach geknackt wurde und nun doch nicht mehr die entsprechende Sicherheit vorweist. Die zur Authentifizierung verschickten SMS-Nachrichten können unter Umständen von Kriminellen abgefangen oder umgeleitet werden. Dadurch besteht die Gefahr, dass die in der SMS enthaltene TAN missbraucht wird.